home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The Arsenal Files 6 / The Arsenal Files 6 (Arsenal Computer).ISO / health / med9603.zip / M9630533.TXT < prev    next >
Text File  |  1996-02-27  |  3KB  |  46 lines
  1.        Document 0533
  2.  DOCN  M9630533
  3.  TI    Convergent evolution within the V3 loop domain of human immunodeficiency
  4.        virus type 1 in association with disease progression.
  5.  DT    9603
  6.  AU    Strunnikova N; Ray SC; Livingston RA; Rubalcaba E; Viscidi RP;
  7.        Department of Pediatrics, Johns Hopkins University School of; Medicine,
  8.        Baltimore, Maryland 21287, USA.
  9.  SO    J Virol. 1995 Dec;69(12):7548-58. Unique Identifier : AIDSLINE +
  10.  AB    Phylogenetic analysis was used to study in vivo genetic variation of the
  11.        V3 region of human immunodeficiency virus type 1 in relation to disease
  12.        progression in six infants with vertically acquired human
  13.        immunodeficiency virus type 1 infection. Nucleotide sequences from each
  14.        infant formed a monophyletic group with similar average branch lengths
  15.        separating the sets of sequences. In contrast to the star-shaped
  16.        phylogeny characteristic of interinfant viral evolution, the shape of
  17.        the phylogeny formed by sequences from the infants who developed AIDS
  18.        tended to be linear. A computer program, DISTRATE, was written to
  19.        analyze changes in DNA distance values over time. For the six infants,
  20.        the rate of divergence from the initial variant was inversely correlated
  21.        with CD4 cell counts averaged over the first 11 to 15 months of life (r
  22.        = -0.87, P = 0.024). To uncover evolutionary relationships that might be
  23.        dictated by protein structure and function, tree-building methods were
  24.        applied to inferred amino acid sequences. Trees constructed from the
  25.        full-length protein fragment (92 amino acids) showed that viruses from
  26.        each infant formed a monophyletic group. Unexpectedly, V3 loop protein
  27.        sequences (35 amino acids) that were found at later time points from the
  28.        two infants who developed AIDS clustered together. Furthermore, these
  29.        sequences uniquely shared amino acids that have been shown to confer a
  30.        T-cell line tropic phenotype. The evolutionary pattern suggests that
  31.        viruses from these infants with AIDS acquired similar and possibly more
  32.        virulent phenotypes.
  33.  DE    Acquired Immunodeficiency Syndrome/IMMUNOLOGY/TRANSMISSION/  *VIROLOGY
  34.        Aging  Amino Acid Sequence  Base Sequence  Comparative Study  Consensus
  35.        Sequence  Disease Transmission, Vertical  *Evolution  Female  Follow-Up
  36.        Studies  *Genes, env  Human  HIV
  37.        Infections/IMMUNOLOGY/TRANSMISSION/*VIROLOGY  HIV-1/*GENETICS/ISOLATION
  38.        & PURIF/PATHOGENICITY  Infant  Infant, Newborn  Molecular Sequence Data
  39.        Phylogeny  Pregnancy  Software  Support, U.S. Gov't, P.H.S.  Time
  40.        Factors  Variation (Genetics)  Viral Envelope
  41.        Proteins/BIOSYNTHESIS/CHEMISTRY/*GENETICS  JOURNAL ARTICLE
  42.  
  43.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  44.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  45.  
  46.